目前，南京医科大学第二附属医院消化病医学中心是江苏省临床重点专科、南京医科大学“十一五”重点学科，卫生部消化内镜医师诊疗技术培训基地”（江苏省首批唯一）。中心下设南京医科大学消化内镜研究所、消化内镜中心、消化内科、微创外科。该中心共有床位1...10张（全省规模最大），现有在职医技护人员 70 人，其中，医生25人。教授、主任医师 4人，具有博士10人，其中，8人具有在美国、德国研修经历或获得日本博士学位，省领军人才1人，333工程5人，六大人才高峰5人。该中心近5年以来，承担国家自然科学基金资助项目、国家科技部科技型中小企业创新基金、国家863计划、部省基金资助、省创新团队40余项，以第一完成单位获中国教育部科技进步奖、中华医学科技奖、省厅级科技进步奖10余项。获具有自主知识产权的国家专利14项，8项转化生产，其产品在中国、欧、美、拉及南亚等地区和国家广泛用于临床。近五年来以第一作者在Gastrointestinal Endoscopy、Lancet Oncology等国内外杂志发表论文80余篇，其中SCI杂志收录近100篇。主编、副主编和参编人民卫生出版社出版统编著作及美国专著近20部。

近年来，消化医学中心以发展消化系统疾病内科诊治为基础，以消化内镜诊治为特色，并以此带动整个消化学科的迅速发展。现已凝练并形成了“新型消化内镜支架研制及其在消化道临床应用”、“新型内镜技术的研究与推广运用”、“胆胰疾病的内镜诊治”、“消化道肿瘤的基础研究”、“复杂肠病”等五大优势方向。

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