多数口臭与口腔疾病及口腔的生态环境有关。口腔不洁、菌斑、牙石、牙垢的堆积是造成口臭最直接的原因。患有慢性牙龈炎和牙周炎的患者，由于牙龈肿胀、出血、牙周袋溢脓、口腔卫生状况很差，牙齿上堆积的菌斑、牙石和牙垢在细菌及微生物的作用下，腐化发酵，产生难闻的气味。患有坏死性龈炎、恶性肿瘤及拔牙后感染的病人，由于坏死组织分解化脓后产生蚓噪、硫氢基及肢类，所以可有腐败性口臭。另外，口腔中存在没有治疗的龋齿、残根、残冠、不良修复体等均易积存食物残渣和污垢，产生一种难闻的口臭。

口腔是消化道的起始端，并且与呼吸道相通，所以消化系统和呼吸系统的一些疾病同样可以造成口臭，如消化功能紊乱、肠胃炎、腹泻、便秘的病人可有不同程度的口臭。支气管扩张、肺部感染的病人也可产生口臭。另外，一些患有内分泌疾病如糖尿病的患者口腔内可有一种烂苹果的气味。

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