特别是在病程早期，病变尚未充分发展时，鉴别诊断可能会出现困难。如果病变累及多段或一长段小肠，不论结肠累及范围如何，可以较肯定地诊断为克隆病。如果病变在直肠，并连续向近侧结肠蔓延，小肠正常，可以肯定其为溃疡性结肠炎。对以上病变部位分布较典型的病人，鉴别诊断无困难。约15％克隆病病人，其病变限于结肠而不累及小肠，其与溃疡性结肠炎的鉴别可能有困难。对于此种类型的克隆病在50年代很多人不承认其为克隆病，而认为是较局限的溃疡性结肠炎。现已公认局限于结肠的克隆病不仅有，而且并不很少见，近十余年来且有所增多。
就临床表现而言，血性大便是溃疡性结肠炎发作时的明显症状，如果无肉眼血便，基本上可以排除溃疡性结肠炎的诊断。克隆病可以仅为大便隐血阳性，即使有肉眼血便，大都均较轻。溃疡性结肠炎腹痛可不明显或为轻度腹痛，只有发生少见的中毒性巨结肠时，才有明显腹痛。克隆病大多有较明显腹痛，腹痛的原因或由于肠腔狭窄引起，或由于肠管浆膜周围炎症引起。溃疡性结肠炎的腹泻与排便不尽及下坠感大多较克隆病重，这是因为前者的直肠部有明显病变。溃疡性结肠炎很少并发肛管及肛周感染，而克隆病则较常发生。溃疡性结肠炎一般发热不明显，而克隆病由于肠外腹腔内常有炎症，因而发热不少见。体检时溃疡性结肠炎大多无明显腹部体征，肛口周围及肛指诊无阳性发现。克隆病腹部常有限局性压痛，可能触及增厚肠管或炎性肿块，肛口周围或肛管可以有炎性病变，如肛裂、肛瘘、肛管狭窄等。小肠有病变存在，同时伴有肛口周围或肛管感染，几乎可做为克隆病的特征。
在病理上，克隆病的最可靠诊断依据是肉芽肿的形成，但在部分标本中不容易找到或找不到此典型病理形态，而需要根据病变累及肠壁的深度以鉴别结肠克隆病或溃疡性结肠炎，前者多累及包括浆膜在内的肠壁全层，而后者病变主要在粘膜及粘膜下层。
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